Hola.
Por defecto hazlo todo a 44.1 Khz, porque si escuchas un mp3 (44.1 KHz) y a la tarjeta le dices que reproduzca a 48 Khz, tendrá que realizar una conversión interna que es mejor evitar, o si la tarjeta no es capaz de hacer ese remuestreo (o el propio sistema operativo) simplemente se reproducirá el archivo a mayor velocidad y más agudo de tono (más "pitufo").
Entiendo a lo que te refieres cuando no coincide la sincronía entre los frames por segundo de una película, y las imágenes por segundo que muestra la TV o monitor. En audio "se redondea" o manipula antes de llegar al oyente, y si la tarjeta no puede remuestrear internamente, pues pasa lo que te comentaba antes, que es que el audio "se acelera" (si reproduces a 48 Khz algo que fue grabado a 44.1 Khz) o se reproduce "más lento" (si reproduces a 44.1 Khz lo que fue grabado a 48 Khz).
La profundidad que dices tiene que ver con los bit (punto de representación de la amplitud de la señal)y no las muestras por segundo. Si quieres saber más sobre todo esto:
http://www.soni...24-bits.html
http://www.soni...le-rate.html
Un saludo.